Genotypic variations among isolates of Marasmius quercophilus, a white-rot fungus isolated from evergreen oak litter - IRD - Institut de recherche pour le développement Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Canadian Journal of Botany Année : 1998

Genotypic variations among isolates of Marasmius quercophilus, a white-rot fungus isolated from evergreen oak litter

Résumé

Marasmius quercophilus is a white-rot basidiomycete isolated from evergreen oak litter. This fungus plays an extensive role in litter degradation because of its cellulase, pectinase, and laccase production. Our objective was to investigate the potential genotypic polymorphism of this species using RAPD (random amplified polymorphic DNA) and the amplification and the sequencing of fragments ITS (internal transcribed spacer) from the rRNA repeat. An intraspecies polymorphism was observed for the M. quercophilus isolates studied as suggested by the tree found with RAPD data: seven subgroups were defined. The minimum similarity coefficient observed in these groups was 0.278. The sizes of fragments ITS 1 and ITS 2 were the same for each isolate (ITS 1: 320 bp and ITS 2: 450 bp), and the percentages of nucleotide variation were 1.25 and 1.11%, respectively. Few isolates from the studied population had the same RAPD pattern that would suggest a clonal development in some zones of the site of La Gardiole.
Marasmius quercophilus est un basidiomycète de la pourriture blanche isolé de la litière de chêne vert. Ce champignon joue un rôle important dans la dégradation de la litière de par sa production de cellulase, pectinase et laccase. Notre objectif consiste en la recherche d'un éventuel polymorphisme génotypique chez cette espèce en utilisant la RAPD (« random amplified polymorphic DNA ») et l'amplification suivie du séquençage des fragments ITS (« internal transcribed spacer ») à partir du cluster codant pour les ARNr. Un polymorphisme intraspécifique a été observé chez les isolats de M. quercophilus étudiés comme le suggère le dendrogramme trouvé à partir des données RAPD : sept sous-groupes ont été définis. Le coefficient de similarité minimum observé dans ces groupes était de 0,278. Les tailles des fragments ITS 1 et ITS 2 étaient identiques pour chaque isolat testé (ITS 1 : 320 pb et ITS 2 : 450 pb) et le pourcentage de variation des nucleotides étaient de 1,25 et 1,11%, respectivement. Quelques souches de la population étudiée présentaient le même profil RAPD ce qui suggère le développement de clones dans certaines zones du site de La Gardiole. Mots clés : Marasmius quercophilus, variabilité intraspécifique, ITS, RAPD. Farnet et al. 890
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hal-02071808 , version 1 (18-03-2019)

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Citer

Anne Marie Farnet da Silva, M Roux, J. Le Petit. Genotypic variations among isolates of Marasmius quercophilus, a white-rot fungus isolated from evergreen oak litter. Canadian Journal of Botany, 1998, 77 (6), pp.884-890. ⟨10.1139/b99-051⟩. ⟨hal-02071808⟩
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