Las plantaciones tradicionales de cacao están compuestas en su mayoría de una mezcla compleja de progenies híbridas con un alto grado de variabilidad, lo que ha reducido las poblaciones de árboles nativos de la variedad “Nacional”, a tal magnitud que ahora se consideran en vía de extinción, lo que preocupa a la industria chocolatera mundial. Hace algunos años, se utilizaron marcadores genéticos moleculares para identificar árboles considerados como reliquias de la población original antigua de la variedad “Nacional”, y algunos árboles silvestres de cacao de una región particular del sur de la Amazonía Ecuatoriana fueron identificados como altamente relacionados con la variedad “Nacional”. Este artículo presenta los resultados de dos exploraciones realizadas en el sur de la Amazonia Ecuatoriana, en la provincia Zamora-Chinchipe, en los años 2010 y 2013. El objetivo de estas exploraciones fue buscar, identificar y rescatar los árboles de cacao que pudieran ser los ancestros silvestres de la variedad “Nacional”. En el 2010, 83 árboles madres fueron recolectados (yemas, mazorcas y hojas) y 48 en el 2013. Las muestras fueron preservadas en la granja experimental Granja Domono, cerca de Macas (Provincia de Morona Santiago) y en la Estación Experimental Tropical Pichilingue, cerca de Quevedo. En la actualidad, los árboles recolectados están siendo caracterizados en su diversidad genética mediante la utilización de marcadores moleculares y también están siendo caracterizados en cuanto a la diversidad bioquímica de sus granos.